吴敬琏始终鲜明地坚持市场取向的改革主张。他和刘国光、董辅礽、赵人伟等经济学家共同工作，在80年代初期创建了中国的比较制度分析学科。 运用这一学科的研究成果，吴敬琏通过分析和比较计划和市场两种资源配置方式的交易成本，论证了我国建立社会主义市场经济的合理性与必然性。他在《论作为资源配置方式的计划与市场》(1991)一文中表明，现代市场经济无例外地是有宏观经济管理的市场经济，或称“混合经济”。